丰臣秀吉禁教除了害怕宗教对其统治的威胁外，还有个人的原因。他曾经试图纳一名信仰天主教的女子为妾但遭到拒绝，这名女子的理由是这与天主教所提倡的一夫一妻制是相抵触的。
庆长元年西班牙商船圣菲利浦号遭风暴袭击漂流至土佐浦户，其中一船员向前来例行检查的京都所司代前田玄以大放厥词，说西班牙先用教士驯化民众，而后进行征服。秀吉闻知此事后勃然大怒，以致于当年十二月就在长崎将方济各教会的传教士和日本信徒26人处决，即所谓的“庆长大殉教”，这是日本大规模迫害天主教流血事件的开始。
小西行长的家臣益田好次之子。本名益田时贞，父亲益田好次是小西行长的家臣。后来时贞被过继给天草甚兵卫，改名为天草时贞。
关原合战后小西行长被斩首，领地遭改易，家臣们纷纷四散成为浪人，四郎时贞从小就居住在长崎港，虔诚地信奉天主教，并向旅居日本的荷兰人学习过西洋医术。
北九州地区是天主教传播的中心区域，战国后期有大量平民甚至武士都皈依了天主教，这些人在“大殉教”后都被迫潜伏了下来，趁着这次动乱再度抬头。因此固守岛原城的并非仅仅数万农民，其中也掺杂了很多信奉天主教的浪人，四郎时贞便是这些浪人们的领袖。
天草四郎自小聪颖过人，有神童之称，且外表俊秀。有一位相士曾对天草说：“阁下面相尊贵，本应掌握天下，只可惜生在德川时代，难成大事。”
高耸的城墙是冷兵器时代城市的标志性，岛原城是位于长崎县岛原市的一座日式城堡，它城郭的形式大体上是长方形的，高且坚固的石垣是其特征。水堀围绕着本丸，用二之丸和走廊形式的木桥相连。如果破坏桥就能使本丸孤立，反过来成为袋中的老鼠的状态，而且因为走廊桥，防备上弓箭很难射得到。
同样的事例还有高松城的天守阁，这些城堡如今已经是日本的象征。
火山灰和熔岩流变成的土地确实坚固，但是施工起来很困难，繁重的劳作和重税引起了岛原之乱，最终德川幕府将松仓氏的领地没收。
这种土地没法耕种粮食，三代将军家光在位的1637年秋季，岛原半岛及其南方的肥后国天草群岛闹起了大饥荒，可是松仓胜家仍然按照旧例征收年贡，并将交不起年贡的数名农民残酷处死。
农民们生活在死亡边缘，已经沉寂很久的天主教信仰随之再度抬头，秘密信教以逃避残酷现实的百姓越来越多。
此事为松仓胜家所查知，就在领内搞了一次大清洗，逮捕了很多教徒，要他们举行“踏绘”的仪式。所谓“踏绘”，是指将刻有耶稣受难像的木牌扔在地上，让怀疑为教徒者用脚去踩，肯乖乖从命的定非天主教徒，或者虽是教徒却有心悔改，否则就将被处以火刑。
阶级压迫和宗教迫害双重利刃就此加在岛原百姓头上，他们无路可走，被迫铤而走险。先是岛原有马村纷起义，杀死了松仓氏的代官林兵右卫门，并且攻破藩武器库，团团包围住了松仓氏的本城——岛原城。
然后天草群岛也爆发起义，与岛原起义南北呼应。前来镇压的幕府将军重昌一开始并没有把他们放在眼里，认为那些作乱的农民无拳无勇，根本不懂打仗，如何会是幕府军的对手？
然而一连发起两次总攻都未能得手，己方反而损失惨重，重昌这才意识到原城中定有深通兵法之人存在。
松平信纲素有智谋，人称“智慧伊豆”，他在仔细观察了前线形势以后，认识到原城防御坚固，起义军作战英勇，绝对不能硬打硬攻。于是信纲就指挥着黑田、锅岛、立花、细川、水野、有马等十数家诸侯联军，从陆路将原城牢牢地封锁住，断绝补给，想要把城中人全部困死，饿死。
当时天草四郎时贞还期望长崎的荷兰人前来救援，然而在松平信纲的外交活动下，荷兰炮船却于一月十一日开到原城附近的海面，然后向城内连开数炮。
天主教有何可信？上帝又有什么用？同样信奉所谓“上帝”的荷兰人，不也背叛了吗？